Mega Man regresa para apuntar su cañón de brazo a ocho Robot Masters enemigos antes de poner su mira en Dr. Wily. La pantalla de selección de niveles vuelve a presentar a cada uno de los adversarios: Gemini Man, Hard Man, Magnet Man, Needle Man, Shadow Man, Snake Man, Spark Man y Top Man. Cuando Mega Man derrota a uno, obtiene el arma de ese oponente, como el Spark Shock, el Gemini Laser, el Hard Knuckle, etc.
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